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De nouvelles règles pour les arrêts de travail et les temps partiels thérapeutiques (TPT)
Actualité
16 septembre 2026
Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, publié au JO du 31 juillet 2026, fait évoluer les règles applicables aux congés pour raisons de santé des agents publics. Il aligne plusieurs dispositions sur celles applicables aux salariés du secteur privé depuis la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.
Les principales évolutions concernent :
- la procédure du temps partiel thérapeutique (TPT),
- la gestion des arrêts de travail,
- le renforcement des contrôles,
- de nouveaux droits pour les agents en congé de maladie.
Parallèlement à la publication de ce décret, la DGAFP a mis en ligne un décryptage de ses principales dispositions.
Par ailleurs, la DGAFP a publié une plaquette explicative sur les évolutions des arrêts maladie et du temps partiel thérapeutique.
Temps partiel thérapeutique : une procédure simplifiée dès le 1er août 2026
À compter du 1er août 2026, la procédure de demande de temps partiel thérapeutique est modifiée, sans changer les conditions d’accès au dispositif.
Les principales nouveautés sont :
- l’employeur disposera d’un délai maximal de trente jours, à compter de la réception de la demande, pour statuer sur celle-ci. En revanche, dans les cas d’une reprise d’activité après un congé maladie long, la mise en place du TPT se fera sans délai,
- l’employeur devra solliciter l’avis d’un médecin agréé s’il envisage de refuser une demande d’autorisation pour raison médicale,
- il pourra également refuser cette demande pour des nécessités liées au fonctionnement du service, mais ne pourra le faire qu’après un entretien avec l’agent concerné et son refus devra être motivé,
- le TPT pourra être prescrit pour une durée pouvant aller jusqu’à 1 an sans périodicité obligatoire,
- un contrôle médical pourra être demandé par l’employeur à tout moment, lors de l’octroi du TPT, de son renouvellement ou en cours de TPT. Si l’agent refuse ce contrôle ou est absent sans justification lors de ce contrôle, le TPT sera refusé ou il sera mis fin au TPT en cours,
- lorsque l’agent conteste les conclusions du médecin agréé en cours de TPT, ses droits à TPT sont maintenus jusqu’à ce que le conseil médical ait rendu son avis.
À retenir : seules les modalités de procédure évoluent. Les conditions médicales, la durée maximale d’un an, les quotités de travail et les règles de rémunération restent inchangées.
Arrêts de travail : une nouvelle procédure au 1er septembre 2026
À partir du 1er septembre 2026, les règles de gestion des arrêts de travail évoluent.
Les principales mesures sont :
- utilisation obligatoire du Cerfa sécurisé pour prescrire un arrêt de travail,
- limitation de la durée des prescriptions à un mois pour un premier arrêt et deux mois pour une prolongation, sauf dérogation médicale,
- maintien de la rémunération uniquement lorsque la prolongation est prescrite par le médecin initial (sauf impossibilité),
- possibilité pour l’employeur d’organiser des contrôles au domicile lorsque l’arrêt prévoit des heures de présence obligatoires,
- développement progressif des contrôles médicaux à distance par les médecins agréés.
De nouveaux droits pour les agents en congé de maladie
Le décret instaure également plusieurs mesures favorables aux agents :
- maintien, pour certains agents de l’État, des majorations ou indexations liées à une affectation outre-mer pendant la première année de congé de longue maladie ou de grave maladie,
- création d’une indemnité d’attente pour les agents en attente de l’attribution d’un congé de longue maladie ou de longue durée, lorsqu’ils arrivent en fin de droits au congé de maladie ordinaire,
- possibilité, pour les agents des trois fonctions publiques, de suivre une formation pendant un congé de maladie, avec l’accord du médecin agréé.
Les principes fondamentaux demeurent inchangés
Le décret ne modifie pas les règles essentielles applicables aux congés pour raisons de santé :
- respect de la prescription médicale et du secret médical,
- règles de rémunération,
- durées maximales des congés,
- contrôle de l’aptitude à la reprise par la médecine agréé.
À compter de 2028, une visite de reprise viendra compléter ce dispositif afin de favoriser le retour à l’emploi des agents.
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